A comunidade São Francisco iniciou-se na década de 80. Os moradores do Jardim Progresso e Alto Alegre, recém advindos de várias regiões da cidade de Bauru, sem um local fixo para as reuniões, começaram a se reunir na praça e nas casas dos fiéis para a oração.

No dia 11 de dezembro de 1981 a companhia de habitação popular realizou a doação do terreno onde hoje se encontra a capela. A primeira missa campal foi celebrada em junho de 1982 por Frei Dídimo Strunk. Foi o próprio Frei Dídimo quem escolheu o padroeiro da comunidade, uma vez que, naquele ano, comemorava-se 800 anos do nascimento de São Francisco de Assis.

No dia 4 de outubro de 1982, foi concelebrada a missa campal por Frei Dídimo e Dom Cândido Padim (então Bispo Diocesano de Bauru) quando foi lançada a pedra fundamental da capela. Dois anos depois, mais precisamente a 4 de outubro de 1984 (dia do padroeiro), Frei Dídimo inaugurou a capela São Francisco.

Desde o surgimento da comunidade até hoje, muitos e bons frutos surgiram no interior da comunidade como resultado de muita oração e trabalho. Ainda hoje a comunidade continua crescendo na fé, em número de participantes e expandindo suas instalações. Símbolo da oração, do trabalho e da solidariedade da comunidade são as diversas pastorais que nasceram, os trabalhos de promoção humana que são realizados, a gruta de São Francisco que foi inaugurada no dia 04 de outubro de 1997 e as obras do salão que a comunidade iniciou no dia 06 de abril de 2003.